Okular نرمافزار خوبیه، میتونید باهاش کامنت و بوک مارک بذارید و یا هایلایت کنید و چیزای دیگه. اما مشکل اساسیش اینه که اینها رو روی خود فایل ذخیره نمیکنه، یعنی اگه شما اون فایل رو با یه نرمافزار دیگه باز کنید هایلایتها یا موارد دیگه رو نمیتونید ببینید.
PDFEdit هم وجود داره که نرمافزار پرقدرتیه، اما بدرد کارای روزمره نمیخوره.
تنها راهی که من پیدا کردم این بود که برنامه PDF Xchange viewer رو با واین نصب کنم. این برنامه رایگانه اما فکر نکنم آزاد باشه...