شما نگران کجا رفتن برنامه ها نباشید.برنامه ها را از منوها یا از ترمینال می توانید اجرا کنید.جهت اطلاع فایل اجرایی برنامه ها را در usr>bin می توانید پیدا کنید.
احتمالا phpmyadmin در مخزن اصلی هست.در synaptic جستجو کنید.
پوشه هایی که با دات شروع می شوند (در پوشه home) مربوط به تنظیمات برنامه ها هستند.