folder جدیدی که در مسیر home/user/ میسازی رو Desktop میاد به نظر شما مشکل چی هست ؟
gconf-editor> apps> nautilus> preferences
کلید desktop_is_home_dir نباید تیک داشته باشد.
همچنین فایل user-dirs.dirs را از پوشهی config. در Home اجرا کنید و مدخل مرتبط با XDG_DESKTOP_DIR را بررسی کنید که به Desktop اشاره کند. در غیر این صورت تصحیحاش کنید.
sudo gedit ~/.config/user-dirs.dirs
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"