من همون نصب جدا جدا رو پیشنهاد میدم، چون داخل سرورها هم دقیقا به همون شکل نصب میشه و کمی آشنایی بیشتری بهتون میده که چطور اینها با هم ارتباط دارند. از طرف دیگه پشتیبانی کامل مدیر بسته رو دارید که خیلی از کارها رو راحتتر میکنه.
من عموما با gedit برنامه مینویسم. کافیه فایلها رو توی /var/www/ بریزید و از طریق مرورگرتون به
http://localhost برید و کدها رو اجرا کنید. برای پروژههای بزرگتر میتونید دیباگر جدا هم برای PHP نصب کنید.
اگر با gedit خیلی راحت نبودید، Eclipse احتمالا یکی از بهترین گزینههاست.
در صورتی که میخواید کاربر عادی بتونه توی /var/www/ چیزی بنویسه، کافیه بنویسید:
sudo chmod 777 /var/www
یا اینکه راه درستتر اینه که کاربرتون رو به گروه www-data اضافه کنید و مجوز دسترسی 770 رو به /var/www/ بدید و مطمئن بشید که این پوشه گروه کاربری www-data رو داره.