سلام
ایا در ترمینال و با دسترسی root به mysql متصل شوید؟
# mysql -u root -p
Enter password:
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 20568 to server version: 4.1.21
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
mysql> show databases;
+-----------------------------------------+
| Database |
+-----------------------------------------+
| mysql |
| test |
+-----------------------------------------+
2 rows in set (0.07 sec)
mysql>
اگر جواب مثبت است مشکل از MYSQL نیست.
دادن کمی اطلاعات بیشتراز سوی شما در مورد مشکل پاسخ بهتری را همراه خواهد داشت.