بستگی به زبان داره. مثلا فایلهای پایتون، فایل باینری نمیدن. و به صورت مفسری اجرا میشن. پس اگه پایتون روی سیستم نصب باشه و کتابخونههاش هم باشن، میشه اجراش کرد. جاوا که اصلا مشکلی نداره و توی هر سیستم عاملی قابل استفاده هست.
معمولا اگه فرمتی تولید بشه (به عنوان خروجی) فایل باینری مخصوص لینوکس هست. اگه برای سیستم عامل دیگهای بخواید، باید دوباره Build کنید.