یک راه وجود داره اما در همه ی فایل منجر ها کار نمیکنه، البته در nautilus کار میکنه
یک فایل مخفی (با یک نقطه در اولش ) به اسم hidden بسازید
یعنی hidden.
فایل رو با یک ویرایشگر متن باز کنید و اسم فایل های موجود در همون پوشه رو که میخواید مخفی بشه رو هرکدوم در یک خط بنویسید
بعد از این بدون اینکه اسم فایل ها رو تغییر داده باشید مخفی میشن
البته شاید راه های دیگه هم وجود داشته باشه