ویروس برای هر چیزی می شه ساخت ولی بحث اینه که در معماری لینوکس هیچ ویروسی قابلیت پخش نداره و در نتیجه هیچ نگرانی ای نیست که یک سرور / دسکتاپ ویروس بگیره.
در مورد فلش خب تقریبا فلش رو به هر کامپیوتر ویندوزی که وصل کنی یکسری ویروس می گیره (: بعد تو وصل می کنی به لینوکس خودت و مشکلی نداری و زندگی می کنی ولی بعد که دوباره بزنی به یک ویندوز، ویروس های ویندوز اول به ویندوز آخر منتقل می شن (لینوکس تو این وسط امنه).
بالا هم گفتم. اگر بخوای برای پاک کردن ویروس های ویندوزی آنتی ویروس نصب کنی چیزی مثل clamav خوبه. اگر هم فقط بحث فلش و ویندوز است کاری که من می کنم اینه که هر بار فلشم رو قرض می دم به یک کامپیوتر ویندوزی، موقع پس گرفتن می زنم به کامپیوترم و ویروس هاش رو دستی پاک می کنم (کلی فایل اجرایی و چرند پرند و autorun.inf و اینها کپی می شه روش که ویندوز نشون نمی ده ولی لینوکس نشون میده).