درود
بهتره همینطوری محتویات اون فولدر رو پاک نکنید ( چون اطلاعات پکیج های ریپوزیتوریتون هم اونجاست
و مجبور می شید دوباره بگیریدشون)
با دستور
sudo apt-get clean
می تونید این کار رو بکنید و پکیج های اونرو پاک کنید
اگر هم می خواید فقط پکیج هایی که دیگه نمیشه دانلودشون کرد ( یا قدیمی شدن یا دیگه در منابع نیستن ) autoclean
در ضمن فکر می کنم مشکل شما با پر شدن اون پارتیشنی که درشون هستند هست
می تونید آدرس این فولدر رو عوض کنید و حتی در یک پارتیشن دیگه بگذارید
اگر خواستید بگید