سلام
در واقع باید جای پ و ژ رو در ویندوز عوض کنید و بهش عادت کنید!!!
اصل کیبورد فارسی اینه که توسط موسسه استاندارد و تحقیقات صنعتی ایران معرفی شده
اما مایکروسافت سرخود جای چند تا از کلیدها رو عوض کرده.
منبع : ویکی هزاردستان که در حال حاضر در دسترس نیست.
http://wiki.hezardastan.org/PersianKeyboardویرایش: 
برای همین متنش رو که کش شده براتون میذارم
صفحه کلید استاندارد فارسی
    *
      در توزیعهای مختلف گنو/لینوکس صفحه کلید زبان فارسی همواره طبق استاندارد رسمی موسسه استاندارد و تحقیقات صنعتی ایران بوده است، ولی بدلیل استاندارد نبودن صفحه کلید در سیستم عامل ویندوز شرکت مایکروسافت اغلب کاربران تازه وارد به محیط گنو/لینوکس این صفحه کلید را به دلیل مغایرت با صفحه کلید ویندوز، غیر استاندارد فرض نموده و گاهی اعتراضاتی نیز نسبت به آن دارند.
      با توجه به اهمیت موضوع و ضرورت یادگیری صحیح طرز قرار گرفتن حروف و علائم زبان فارسی بر روی صفحه کلید کامپیوتر٬ چیدمان صفحه کلید فارسی کامپیوتر در دو حالت عادی و با فشردن کلید Shift تهیه شده است.
      صفحه کلید حاضر، بر اساس استاندارد ملی ایران شماره ۲۹۰۱ 
طرز قرار گرفتن حروف و علائم زبان فارسی بر روی صفحه كليد كامپيوتر و استاندارد ملی ایران شماره ۶۲۱۹ 
تبادل و شیوه نمایش اطلاعات فارسی بر اساس یونیکد تهیه شده است.