مشکل از کدکها نیست! من خودم همه کدکها رو دارم... هما هم همه کدکها رو نصب میکنه و این مشکلات رو هم درست نمیکنه.
شاید همون Desktop Effects مشکلی ایجاد کرده باشه... Desktop Effects بر اساس Compiz هست و ممکنه که کارت گرافیکی شما توانایی پشتیبانی نداشته باشه یا اینکه راهاندازش نصب نشده باشه...
به هر حال اگر مشکل با کاربر root حل شده یعنی اینکه یه تغییراتی تو پوشه کاربری شما ایجاد شده بوده که نیازی به نصب مجدد هم نداشته. میتونستید یه کاربر جدید بسازید و با اون وارد بشید یا اینکه فایلهای تنظیمی کاربر خودتون رو حذف کنید و مجددا وارد بشید تا دوباره از نو یه میزکار تمیز داشته باشید
تو نسخه جدید اوبونتو برای نصب کدکها کافیه که روی فایل مورد نظرتون دوبار کلیک کنید و بعد خودش بهتون میگه که به کدک نیاز داره و همون کدکها رو هم از اینترنت میگیره و نصب میکنه... اگر اینترنت پر سرعت ندارید میتونید فعلا چندتایی از کدکها که براتون ضروری تر هست رو نصب کنبد و کمی صبر کنید تا نسخه جدید هما بیاد...
یه نکته دیگه اینکه شما گفتید همه کدکها را دانلود کرده بودید. از اونها backup نگه داشتید ؟؟؟