بهتر بود از طریق مخازن اقدام به آپدیت می کردید.در عرف برنامه نویسی، warning با error متفاوته و یه برنامه با وجود warning های متعدد هم قابل اجراست و مشکلی نداره. توصیه میکنم اگر می خواین مشکل به صورت کامل حل بشه با دستور زیر کلا Gimp رو با تمام تنظیمات یه بار پاک کنید:
sudo apt-get --purge remove gimp
و دوباره نصب کنید:
sudo apt-get install gimp