خب اوکی! همون طوری که اشاره کردی روی فرمت png میشه این کار رو کرد! ولی پیشفرض در لایه ی صفر زمینه Transparent نیستش!
باید
0- یک لایه ی جدید بزنی و پرنسپرنت ش کنی.
1- در ویژه گی های لایه! اون رو در حالت پرنسپرنت قرار بدی.
2- بعد اون لایه ی صفر رو حذف کنی.
3- بعد توش هر کاری می خواهی بکنی!.