با احمقانهترین workaround ممکن حل شد
محتویات اسکریپتی که به Startup Applications اضافهش کردم:
#!/bin/sh -e
sleep 2
gsettings set org.gnome.shell enabled-extensions "['alternative-status-menu@gnome-shell-extensions.gcampax.github.com', 'alternate-tab@gnome-shell-extensions.gcampax.github.com', 'drop-down-terminal@gs-extensions.zzrough.org', 'GPaste@gnome-shell-extensions.gnome.org', 'places-menu@gnome-shell-extensions.gcampax.github.com', 'user-theme@gnome-shell-extensions.gcampax.github.com']"
اون دستور sleep رو برای این گذاشتم که خیالم راحت باشه که حتما بعد از لود شدن کامل گنوم اکستنشنا اجرا میشن
شاید نیازی به گذاشتنش نباشه