مشکل در نصب برنامه g09

[hjam]

با سلام
من قصد نصب برنامه g09(برنامه محاسباتی شیمی) بر روی لینوکس centOs  دارم
کارهایی که انجام دادم به این صورت بوده که ابتدا ‍‍فولدر فشرده g09 را در root قرار دادم از حالت فشرده خارج کردم فایل setup_sh که داخل فولدر g09 بود رو باز کردم آدرس فولدرهای g09 و tmp رو در محل مربوطه وارد کردم
حالا در قسمت ترمینال با زدن دستور dos2linx.sh خطا میده تمامی فایل های موجود در فولدر g09  رو جستجو کردم نه فایل dos2linx و نه فولدر bin رو ‍‍‍‍‍نتونستم بیابم
bash: dos2linx: command not found
اگه کسی میتونه در این مورد کمکم کنه خیلی ممنون میشه
شدیدا به این برنامه نیاز دارم

[ahmadubuntu]

من نصب نکردم ولی یه جستجوی ستده توی گوگل همه چیزو میگه!
چرا از راهنماهای خود سایت گاوسین استفاده نمیکنی؟
کدوم نسخه رو داری؟ source or binary ؟

کارهایی که انجام دادم به این صورت بوده که ابتدا ‍‍فولدر فشرده g09 را در root قرار دادم از حالت فشرده خارج کردم فایل setup_sh که داخل فولدر g09 بود رو باز کردم آدرس فولدرهای g09 و tmp رو در محل مربوطه وارد کردم

یعنی چی که g09 را در root  قرار دادم؟ نکنه گذاشتیش داخل پوشه root؟
باید مسیر پوشه g09 رو به عنوان مسیر برنامه برای سیستم معرفی کنی.
1- خب فرض میکنیم شما یک پوشه به نام softs داخل پوشه خانگیت درست کردی و بعد پوشه گاوسین رو اونجا گذاشتی:

/home/ahmad/softs/g09/

به جای ahmad نام کاربری خودت رو قرار بده.
2- حالا همه چیز رو به حالت اجرایی در بیارید:

کد: [انتخاب]

chmod +x -R /home/ahmad/softs/g09/*3- سپس وارد این پوشه بشو:

کد: [انتخاب]

cd /home/ahmad/softs/g09

4- محتویات فایلی که من تونستم بدست بیارم اینه:

کد: [انتخاب]

ahmad@ahmad-N53SV:~/softs/g09$ ls
amber98.prm  demofc        gauopt       l1003.exe  l109.exe   l115.hlp  l202.exe  l319.exe  l508.exe  l702.exe  l904.exe  l923.hlp     putil.hlp    utilam.hlp
amber.prm    dftba.prm     gauopt.hlp   l1003.hlp  l1101.exe  l116.exe  l202.hlp  l401.exe  l510.exe  l703.exe  l905.exe  l9999.exe    putils.hlp   util.hlp
basis        dreiding.prm  gauoptl      l1014.exe  l1101.hlp  l117.exe  l301.exe  l401.hlp  l510.hlp  l716.exe  l906.exe  l9999.hlp    rwfdump      utilnz.hlp
bsd          em64t.flag    gauoptl.hlp  l101.exe   l1102.exe  l118.exe  l301.hlp  l402.exe  l601.exe  l716.hlp  l908.exe  log.bldg09   rwfdump.hlp
c8609        formchk       gautraj      l101.hlp   l110.exe   l120.exe  l302.exe  l405.exe  l601.hlp  l801.exe  l913.exe  mdutil.hlp   test.inp
c8609.hlp    formchk.hlp   ghelp        l102.exe   l1110.exe  l121.exe  l303.exe  l405.hlp  l602.exe  l801.hlp  l913.hlp  mm           test.out
chkchk       freqchk       ghelp.hlp    l103.exe   l1111.exe  l122.exe  l308.exe  l502.exe  l604.exe  l802.exe  l914.exe  mm2.prm      testrt
copychk      freqmem       ghmain.hlp   l103.hlp   l1112.exe  l123.exe  l310.exe  l502.hlp  l607.exe  l804.exe  l915.exe  mm.hlp       testrt.hlp
cubegen      g09           ham506       l105.exe   l111.exe   l123.hlp  l311.exe  l503.exe  l608.exe  l811.exe  l916.exe  newzmat      tests
cubegen.hlp  gau-cpp       ham506.hlp   l106.exe   l113.exe   l124.exe  l314.exe  l503.hlp  l609.exe  l901.exe  l916.hlp  newzmat.hlp  uff.prm
cubman       gau-fsplit    l1002.exe    l107.exe   l114.exe   l1.exe    l316.exe  l506.exe  l610.exe  l902.exe  l918.exe  oplsaa.prm   unfchk
cubman.hlp   gau-machine   l1002.hlp    l108.exe   l115.exe   l1.hlp    l318.exe  l506.hlp  l701.exe  l903.exe  l923.exe  osutil.hlp   unfchk.hlp


5- و حالا دستور زیر رو اجرا کن:

کد: [انتخاب]

csh bsd/install
6- بعد باید داخل فایل

bashrc./~

خطوط زیر رو قرار بدی:

کد: [انتخاب]

export g09root=/home/ahmad/softs/
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
. /home/ahmad/softs/g09/bsd/g09.profile
export PATH=$PATH:/home/ahmad/softs/g09/bsd:/home/ahmad/softs/g09/local


7- و ترمینال رو باز و بسته کن یا اینکه دستور bash رو بزن.
 و همین دیگه!

برای اطمینان از نصب شدن برنامه، یکی از مثالهاشو انجام میدیم:

کد: [انتخاب]

mkdir /home/ahmad/works/gaussian
cp /home/ahmad/softs/g09/tests/com/test001.com /home/ahmad/works/gaussian
cd /home/ahmad/works/gaussian
g09 < test001.com > test001.log.linux
و میتونی خروجی رو با فایل زیر مقایسه کنی:

home/ahmad/softs/g09/tests/ia64/test001.log/

البته این راهنما برای نسخه های precompiled بود و اگه بخوای از source کمپایل کنی یک کم کار بیشتر میخواد که میتونی به راحتی توی اینترنت پیدا کنی. مثلا:


http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1551193

که البته برای سرعت بیشتر در انجام محاسبات بهتره بدنبال این موضوع باشی  یا اینکه بدی یک نفر دیگه واست نصب کنه.
امیدوارم به کارت اومده باشه و دعا کنی ما امتحانامونو به خوبی پشت سر بذاریم.

[hjam]

نسخه اي که من دارم باينري
از دوستان به خاطر راهنماييهايي که کردن بسيار ممنونم اميدوارم که موفق باشيد
من الان رو لپ تتاپم يه نسخه نصب شده دارم
نحوه انجام محاسباتش با چند دستور ساده به شرح ذيل است
cd g09
. setup_sh
dos2linx.sh که بعد از اين دستور کپي فايل gjfويندوز(البته بعد از حذف پسوند gjf) قرار ميدادم بعد يه فايل gjf لينوکسي ساخته ميشد در مرحله آخر کپي فايل gjf لينوکسي رو جلو دستور زير قرار ميدادم فايل log مربوطه ساخته ميشد.
g09
نحوه انجام دستورات شما چه جوريه

[ahmadubuntu]

نسخه اي که من دارم باينري
از دوستان به خاطر راهنماييهايي که کردن بسيار ممنونم اميدوارم که موفق باشيد
من الان رو لپ تتاپم يه نسخه نصب شده دارم
نحوه انجام محاسباتش با چند دستور ساده به شرح ذيل است
cd g09
. setup_sh
dos2linx.sh که بعد از اين دستور کپي فايل gjfويندوز(البته بعد از حذف پسوند gjf) قرار ميدادم بعد يه فايل gjf لينوکسي ساخته ميشد در مرحله آخر کپي فايل gjf لينوکسي رو جلو دستور زير قرار ميدادم فايل log مربوطه ساخته ميشد.
g09
نحوه انجام دستورات شما چه جوريه

من اصلا متوجه حرفای شما نشدم! پس من این بالا چی رو یک ساعت گام به گام توضیح دادم؟ 
توی لینک زیر آموزش نصب بسته باینری و در دومین لینک آموزش نصب از کد منبع از طرف خود سایت سازنده ارائه شده که هیچ کدوم از چیزایی که شما میگین داخلش وجود نداره!

http://www.gaussian.com/g_tech/install/g09bin.pdf

http://www.gaussian.com/g_tech/install/g09src.pdf

[hjam]

دوست عزیز سلام
دستوراتی که فرمودی رو انجام دادم ولی متاسفانه جوابی نگرفتم
با اجرای دو دستور اول هیچ گونه محتویات فایلی که شما فرمودید رو باز نکرد
دستور بعدش رو اجرا کردم
بعدشم رفتم سراغ فایل bashrc که البته مسیرشو بلد نبودم از طریق جستجو ‍‍‍پیداش کردم که دستورات رو توش تایپ کردم
[root@localhost ~]# chmod +x -R /root/g09/*
[root@localhost ~]# cd /root/g09
[root@localhost g09]#
فایل bashrc که توش تغییرات اعمال کردم آدرسش به صورت زیر است
/etc/bashrc
ممنون میشم اگه وقت بزارید به ایرادات من رسیدگی بکنید
هرچند میدونم که ایام امتحانات سرتون خیلی شلوغه
با تشکر
راستی من به یه طریق دیگه برنامه رو نصب کردم که به صورت زیر خطا میده ممنون میشم اگه بررسی کنید
[root@localhost ~]# cd g09
[root@localhost g09]# . setup_sh
[root@localhost g09]# dos2linx.sh /root/input/C6H5Br-1
[root@localhost g09]# g09 /root/input/C6H5Br-1.gjf
Problem with file /root//g09/l1.exe omode 33257 compare 7.
Segmentation fault (core dumped)
[root@localhost g09]#

[hjam]

با عرض پوزش یادم رفت بگم توزیع لینوکسی که من ازش استفاده میکنم centOs است

[ahmadubuntu]

اولا چرا داری داخل root  نصب میکنی؟ حتما از کاربر روت خارج شو و توی یک اکانت معمولی کار کن!!! وگرنه حسابی پشیمون میشی!
ثانیا من دوباره اون راهنما رو ویرایش کردم و شماره گذاری کردم تا بهتر با هم پیش بریم! پس نگاش کن و قدم به قدم بهم با شماره بگو توی هر مرحله چه اتفاقی میفته!؟
ثالثا بازم تاکید میکنم حتما از روت خارج شو چون معلومه که تازه کاری و احتمال خرابکاری 100 درصده. مثلا آدرس فایل bashrc./~ همینه و نیاز نیست etc/bashrc/  رو ویرایش کنین!!!!!
یعنی کافیه کد زیر رو بزنی تا این فایل بازبشه:

کد: [انتخاب]

gedit ~/.bashrcسوم اینکه این فایل رو از کجا آوردین چون به نظر دستکاری شدست!؟ یک ls از محتویات پوشه بگیرین و اینجا بذارین!
 و اینکه به جای فایل خودت این فایل رو دانلود کن ببین چه تفاوتی میکنن: (البته با عرض پوزش از دوستان)

http://romeo.if.usp.br/~eltonfc/g09.tar.bz2

[hjam]

 باتشکر از اینکه برام وقت میزاری
مرحله یک رو انجام دادم آدرس فایلم شدhome/hjam/softs/g09/
 مرحله 2 رو به صورت زیر انجام دادم
*/chmod +x -R /home/hjam/softs/g09
اینتر زدم خط بعد دستور شماره سه رو نوشتم دکمه اینتر رو زدم
در مرحله چهارم هیچ گونه فایلی بالا نیومد

[ahmadubuntu]

در مرحله چهارم هیچ گونه فایلی بالا نیومد

یعنی داخل پوشه g09 خالی بود؟
فقط یه ls  بودها!
از فایل خودت استفاده کردی یا اونی که من بهت دادم؟
اون پوشه g09 یعنی همون پوشه ای که وقتی فایل رو از حالت فشرده خارج میکنی ایجاد میشه! پس حتما باید داخلش چیزی باشه! همون setup و اینجور چیزا دیگه

[hjam]

دستوراتی که گفته بودی تو قسمت bashrc وارد کنم سه خط اولشو تو یه فایل setup_sh وارد کرد جواب داد
ولی متاسفانه بعد از یه مدتی کار کردن سیستم خودبه خود خاموش میشه
نمیدونم مشکلش چیه

[ahmadubuntu]

بازم معلومه مرتب کار نکردی! ولی همین که اجرا میشه یک قدم مثبت بوده
علت خاموش شدن سیستمت رو هم نمیدونم! شاید خوب خنک نمیشه!

[hjam]

سرعت اجراي برنامشم خيلي پايينه نميدونم چشه مثلا تو نيم ساعت فايل log فقط در حد دو يا سه کيلو بايت پيشرفت ميکنه
دليل اينو نميدونيد
ممکنه لينوکسي که نصب کردم مشکل داشته باشه

[ahmadubuntu]

سرعت اجراي برنامشم خيلي پايينه نميدونم چشه مثلا تو نيم ساعت فايل log فقط در حد دو يا سه کيلو بايت پيشرفت ميکنه
دليل اينو نميدونيد
ممکنه لينوکسي که نصب کردم مشکل داشته باشه

من اینطوری نمیتونم راجع به لینوکست نظر بدم! و همچنین همونطور که گفتم خودم از این برنامه استفاده نکردم تا حالا و چون دیدم تازه واردی خواستم کمکی کرده باشم!
الان یکی از مثالها رو انجام دادم و متوجه شدم فقط یکی از هسته های سیستم درگیر میشه البته با openmp و mpi هم چک کردم! گرچه مطمئن نیستم.
حالا دیگه باید طبق همون چیزی که در انتهای پست راهنما گفتم باید بیفتی دنبال نصب از source و اینکه از ifort و mpi استفاده کنی تا بتونی از چند هسته سیستمت استفاده کنی.
دیگه وقت من بیشتر از این اجازه نمیده مخصوصا اینکه خودم با این کد کار نکردم.
شاعر میگه:
گر سرچ کنی ز غوره حلوا سازی

البته این راهنما برای نسخه های precompiled بود و اگه بخوای از source کمپایل کنی یک کم کار بیشتر میخواد که میتونی به راحتی توی اینترنت پیدا کنی. مثلا:


http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1551193

که البته برای سرعت بیشتر در انجام محاسبات بهتره بدنبال این موضوع باشی  یا اینکه بدی یک نفر دیگه واست نصب کنه.
امیدوارم به کارت اومده باشه و دعا کنی ما امتحانامونو به خوبی پشت سر بذاریم.

[hjam]

ممنون
همه هشت تا هسته سیستمم درگیره ولی نمیدونم پیشرفتش چرا کنده
به هرحال ممنونم خیلی بهم کمک کردی
امیدوارم که تو امتحاناتت موفق باشی

[ahmadubuntu]

خواهش میکنم. سعی کن در قدم اول هر سوالی داشتی توی گوگل سرچ کنی حتما جواب رو پیدا میکنی! منم توی گوگل همون لحظه که شما پرسیدی جستجو کردم و به نتیجه رسیدم.
ثانیا بازم تاکید میکنم به هیچ وجه از root استفاده نکن فعلا!
شنبه امتحان dft دارم و 27 هم امتحان gw دارم.  
خدانگهدار