با gksudo میشه این کار رو کرد مثلا برا nautilus (فایل منیجر یونیتی) تو ترمینال اینو بزنید:
gksudo nautilus
(شاید gksudo نصب نباشه که میتونید نصبش کنید.)
البته با خود sudo هم میشه این کار رو کرد مثلا:
sudo nautilus
تفاوتی که من دیدم اینه که sudo پسورد رو تو ترمینال می پرسه gksudo به صورت گرافیکی

gksu - GTK+ frontend for su and sudo