فکر کنم به خاطر کلمه عام «فایل سیستم» کمی شلوغ شده. حرفه ای این کار نیستم ولی فکر کنم فایل سیستم رو می شه به دو معنی استفاده کرد:
۱- شیوه چیدن فایل ها که برای ما روش درختی که دنیس ریچی معرفی کرده معروف ترینش است. در این مفهوم، ما یکسری دایرکتوری داریم که مثلا توی لینوکس بنا به تعاریف استاندارد، همون / و boot/ و var/ و opt/ و .. هستن.
۲- شیوه نظم دهی اطلاعات در سطح سخت افزار (ذخیره داده) که می شن مفهوم و ntfs و fat و ext3 و ext4 و ...
فکر کنم به هر دو تای اینا می گن فایل سیستم و به همدیگه هم ربط دارن ولی کاملا به هم وابسته نیستن. مثل تو می تونی فایل سیستم fat داشته باشی و روش لینوکس نصب کنی که همون دایرکتوریهای درختی به مفهوم (۱) رو خواهی داشت یا لینوکسی رو نصب کنی که از ext3 استفاده می کنه ولی به جای اسامی استاندارد ولی نامانوس var و etc و lost+found و .. از اسامی معمولتری مثل doc و programs و ... استفاده کنه.
در مورد سوال اولت: لینوکس یک فایل سیستم درختی داره. حتی اگر پارتیشن ها رو جدا هم بکنی و مثلا حتی یک هارد دیسک مستقل رو به home/ اختصاص بدی، بازم لینوکس خیلی طبیعی یک دایرکتوری home در اختیار کاربر خواهد گذاشت که در ظاهر فرقی با قبل نداره. مزیت این جریان اینه که تو می تونی همینطوری هارد دیسک اضافه کنی و فقط home بزرگ تر بشه بدون اینکه کاربرهات با دیدن چیزهایی مثل :C و

و :E گیج بشن. در واقع با استفاده از روشهای لینوکسی تو می تونی به لینوکس بدی که مجموع فلان پنج تا هارد دیسک رو یک درایو بزرگ ببینه و شاخه home رو توی اون بنویسه (دنبال raid سرچ کن اگر علاقمندی).