سلام!
اصلا به طور پیش فرض Ubuntu Software Center در 14.04 Ubuntu GNOME از لحاض ظاهری Bug داره! یه مقدار تو توضیعش عجولانه کار کردن... حتی Logo شون رو هم اشتباهی فکر کنم Ubuntu 13.10 گذاشته بودن که درست شد...
من شخصا برای نصب Theme، اول پوشه ی فایل های مربوط به Theme رو در usr/share/themes/ کپی می کنم، بعد می رم تو Tweak Tool و تو قسمت Appearance، هم GTK+ theme رو تغییر می دم و هم Window theme رو... اگه فقط اولی رو تغییر بدم همین مشکلی که شما گفتید پیش می آد... دو تاش رو باید تغییر داد... نمی دونم گاهی ممکنه یه Restart هم لازم باشه! ضمنا برای تغییر Theme بالاترین نوار هم باید Shell theme رو تغییر بدید که فکر می کنم قبلش نیاز به نصب یه Extension هم هست که خودش بهتون می گه...