بستگی به هدف داره
freebsd خیلی اموزش ها و پکیج هاش زیاده و انگار دارید با لینوکس کار میکنید
netbsd هم علیرغم استفاده بسیار گسترده تو صنعت انگار دارید تو کویر زندگی می کنید ! ۸۰ درصد اموزش هاش رو تیم خودش منتشر میکنه(بر عکس مینیکس که استفاده چندانی نداره , ولی سوالاتتون با چند تا سرچ جواب داده میشه
)
--------
در باره سازگاری با لینوکس :
تیم نت بی اس دی یک اموزش داده برای نصب برنامه های لینوکسی به شکل تمام وکمال که رو بقیه هم کار می کنه (با کمی سرچ پیداش میکنید)
فری بی اس دی هم یک compatibility layer برای کرنل ساخته که درایور های لینوکس رو اجرا می کنه که امیدوارم رو بقیه هم کار کنه