جاوا و فلش توی نسخه ی ۶۴ بیتی مشکلی ندارن... من مدت ها اوبونتو و سوزه و آرچ ۶۴ بیتی رو استفاده کردم و کوچکترین مشکلی نداشتم... برای فلش علاوه بر اینکه میشه بدون مشکل نسخه ی ۳۲ بیتی ۱۰.۱ رو نصب و استفاده کرد. نسخه ی ۶۴ بیتی ۱۰.۲ هم هست که می شه ازش بدون استفاده از lib های 32 بیتی استفاده کرد. تو مخزن Arch که هست... تو اوبونتو هم با یه مخزن PPA میشه نصبش کرد.
کلا هیچ تفاوتی بین باگ ها توی یک سیستم ۳۲ و یک سیستم ۶۴ بیتی وجود نداره و حداقل اینکه من ندیدم.